Когда-то люди жили под гнетом Ангелов – существ, которым для существования необходимо было питаться человеческой энергией жизни, праной. Благодаря предательству одного из Ангелов, Аполлония, влюбившегося в человеческую воительницу Селиан, люди одержали победу. Аполлоний, Селиан и Скорпиус, человек, мечтавший о крыльях ангела, вместе сражались в огромном боевом роботе Акварионе, который использовал людей в качестве «элементов». Слившись на уровне сознания, пилоты могли приводить Акварион в три разных состояния и отражать атаки Теневых Ангелов. Теперь, спустя много тысяч лет, ангелы вновь пробудились, и между ними и «бескрылыми» вновь идет война. Человечество защищают Аполло, реинкарнация Аполлония, принцесса Сильвия, в которой воплотилась Селиан, и другие бойцы. Есть среди них и воительница Рэйка – реинкарнация Скорпиуса, ради своего желания стать ангелом предавшего Аполлония. Предводитель ангелов Тоума стремится воскресить своих близких, так что в случае его победы человечество понесет колоссальные потери. Но когда Аполло, Сильвия и Рэйка станут экипажем Аквариона, у людей появится шанс на спасение.