На этот раз сироты Бодлеры оказываются в интернате, где царят жёсткие правила и непоколебимая дисциплина. Хотя бы здесь Бодлеры надеются скрыться от своего коварного преследователя, Графа Олафа, но жадный до наживы, он и здесь находит детей — теперь он представляется учителем физкультуры по имени Чингиз. Между тем, у Бодлеров появляются друзья в лице тройняшек Квегмайер — Айседоры и Дункана, чей брат погиб при таинственных обстоятельствах.
Второй сезон сериала «Лемони Сникет: 33 несчастья» является экранизацией книг «Изуверский интернат», «Липовый лифт», «Гадкий городишко», «Кошмарная клиника» и «Кровожадный карнавал».