Продолжение истории об инопланетном вторжении пришельцев, разрушивших большую часть жизнедеятельности человечества и поработивших выжившее население Земли, загнав их в уцелевшие города и обнеся их невероятной высоты забором. Оккупанты не стремятся к полному уничтожению, ведь главная цель ресурсы и уцелевшие помогут в их добыче. Люди потеряли свою свободу и чтобы продолжать жить должны усердно трудиться на благо инопланетян.
В этом новом мире при сложившихся обстоятельствах землянам приходится приспосабливаться к таким сложным реалиям, в результате чего есть те кто полностью смирился и готов выполнять все приказы, но есть и те в которых еще теплится надежда вернуть свою свободу и отомстить непрошеным гостям за все страдания и разрушения, что они переживают. И это борьба на два фронта — с инопланетными существами и с местными предателями.
Бывшего агента ФБР Уилл Боуман новые хозяева планеты поставили перед непростым выбором — или идти служить колонистам и выискивать партизан, либо его семья и он будут убиты. Второй сезон сериала «Колония» продолжает рассказ о моральных принципах и борьбе за выживание главных героев.